Markus Wettstein wurde bei Zürich geboren, studierte an den Musikhochschulen Luzern und Basel Chorleitung, Schulmusik und Komposition und besuchte Dirigier-Meisterkurse in England, Deutschland und Frankreich. Er unterrichtete Musiktheorie an der Musikakademie Basel und Improvisation an der Musikhochschule Zürich.
Den kammerchor orchi e balene leitet er seit 2000.
2003 gründete er den Kammerchor hortus vocalis, mit dem er bis 2011 durchkomponierte Konzertprogramme Alter und Neuer Musik erarbeitete – etwa mit Werken von Machaut, Dufay, Isaac, Tallis, Marenzio, Monteverdi… sowie einer Uraufführung von James Etherington.
2005-2012 war er Leiter des choeur diplomatique im Auswärtigen Amt.
2012 arbeitete er mit den Chören der Philharmonie Jekaterinburg (Russland), mit denen er ein Programm Deutscher Chormusik aufführte. An der dortigen Musikhochschule leitete er ein Seminar zum selben Thema.
Mit dem Deutsch-Französischen Chor Berlin führte er chorsinfonische Werke von Poulenc, Puccini, Mendelssohn und Mozart auf, unter anderem mit dem Staatssinfonieorchester Kaliningrad.
Markus Wettstein ist gleichermaßen als Komponist tätig und schreibt neben instrumentaler Kammermusik und Chorwerken auch für Orchester und das Vokale Musiktheater. 2012 arbeitete er als Composer-in-Residence mit dem Ensemble Thingamajigs in San Francisco.
2010 gründete er das ensemble xenon für Neue Musik, mit dem er seitdem weit mehr als 50 neue Werke uraufführte.
Seit 2019 ist er Lehrbeauftragter der Hochschule für Musik Hanns Eisler für Tonsatz und Gehörbildung am Musikgymnasium Carl Philipp Emanuel Bach.
